Colección de pinturas, esculturas, muebles y otras artes decorativas de la época colonial. Las colecciones de pintura y escultura están compuestas por ocho salas, entre las que destacan la Sala de Ángeles y Arcángeles, que alberga cuadros y retratos de ángeles arcabuceros, la Sala de Esculturas, que alberga diversas esculturas religiosas, las salas Cusco XVII y Cusco XVIII, que albergan obras de la Escuela cusqueña, y la Sala de Retratos, que alberga una gran colección de retratos de reyes españoles pintados por maestros locales. La colección de mobiliario alberga algunos muebles como armarios, consolas o bargueños de la época virreinal y republicana. La colección de platería albergada en la Sala de Platería es uno de los atractivos del museo, compuesta por reliquias, instrumentos religiosos, utensilios, joyería y armas de plata. Asimismo, existen colecciones de textiles, libros, monedas y grabados.